În activitatea sa CNEJ se călăuzeşte de Constituţia Republicii Moldova, Legea nr.1086-XIV din 23 iunie 2000 „Cu privire la expertiza judiciară, constatările tehnico-ştiinţifice şi medico-legale”, CPP, CPC, CC, HG nr.1052 din 12.09.2006 „Cu privire la Centrul Naţional de Expertize Judiciare de pe lîngă MJ” prin care s-a aprobat „Regulamentul Centrului Naţional de Expertize Judiciare”, cît şi de alte acte normative ce reglementează expertiza judiciară.